以下就是针对MySQL作为专门的数据库服务器的优化建议：
MySQL服务器的规划
为了以后维护，升级备份的方便和数据的安全性，最好将MySQL程序文件和数据分别安装在“不同的硬件”上。
/ /
| /usr <== 操作系统
| /home/mysql <== mysql主目录，为了方便升级，这只
硬盘1==>| 是一个最新版本目录的链接
| /home/mysql-3.23.54/ <== 最新版本的mysql /home/mysql链接到这里
/ /home/mysql-old/ <== 以前运行的旧版本的mysql
/ /data/app_1/ <== 应用数据和启动脚本等
硬盘2==>| /data/app_2/
/ /data/app_3/
MySQL服务的安装和服务的启动
MySQL一般使用当前STABLE的版本：
尽量不使用--with-charset=选项，我感觉with-charset只在按字母排序的时候才有用，这些选项会对数据的迁移带来很多麻烦。
尽量不使用innodb，innodb主要用于需要外键，事务等企业级支持，代价是速度比MYISAM有数量级的下降。
./configure --prefix=/home/mysql --without-innodb
make
make install
服务的启动和停止
1 复制缺省的mysql/var/mysql到 /data/app_1/目录下。
2 MySQLD的启动脚本：start_mysql.sh
#!/bin/shrundir=`dirname "$0"`echo "$rundir"/home/mysql/bin/safe_mysqld --user=mysql --pid-file="$rundir"/mysql.pid --datadir="$rundir"/var "$@"/-O max_connections=500 -O wait_timeout=600 -O key_buffer=32M --port=3402 --socket="$rundir"/mysql.sock & |
注释：
--pid-file="$rundir"/mysql.pid --socket="$rundir"/mysql.sock --datadir="$rundir"/var
目的都是将相应数据和应用临时文件放在一起；
-O 后面一般是服务器启动全局变量优化参数，有时候需要根据具体应用调整；
--port: 不同的应用使用PORT参数分布到不同的服务上去，一个服务可以提供的连接数一般是MySQL服务的主要瓶颈；
修改不同的服务到不同的端口后，在rc.local文件中加入：
/data/app_1/start_mysql.sh
/data/app_2/start_mysql.sh
/data/app_3/start_mysql.sh
注意：必须写全路径
3 MySQLD的停止脚本：stop_mysql.sh
#!/bin/shrundir=`dirname "$0"`echo "$rundir"/home/mysql/bin/mysqladmin -u mysql -S"$rundir"/mysql.sock shutdown |
使用这个脚本的好处在于：
1 多个服务启动：对于不同服务只需要修改脚本中的--port[=端口号]参数。单个目录下的数据和服务脚本都是可以独立打包的。
2 所有服务相应文件都位于/data/app_1/目录下：比如：mysql.pid mysql.sock，当一台服务器上启动多个服务时，多个服务不会互相影响。但都放到缺省的/tmp/下则有可能被其他应用误删。
3 当硬盘1出问题以后，直接将硬盘2放到一台装好MySQL的服务器上就可以立刻恢复服务（如果放到my.cnf里则还需要备份相应的配置文件）。
服务启动后/data/app_1/下相应的文件和目录分布如下：
/data/app_1/ start_mysql.sh 服务启动脚本 stop_mysql.sh 服务停止脚本 mysql.pid 服务的进程ID mysql.sock 服务的SOCK var/ 数据区 mysql/ 用户库 app_1_db_1/ 应用库 app_1_db_2/.../data/app_2/... |
查看所有的应用进程ID：
cat /data/*/mysql.pid
查看所有数据库的错误日志：
cat /data/*/var/*.err
个人建议：MySQL的主要瓶颈在PORT的连接数上，因此，将表结构优化好以后，相应单个MySQL服务的CPU占用仍然在10％以上，就要考虑将服务拆分到多个PORT上运行了。
服务的备份
尽量使用MySQL DUMP而不是直接备份数据文件，以下是一个按weekday将数据轮循备份的脚本：备份的间隔和周期可以根据备份的需求确定
/home/mysql/bin/mysqldump -S/data/app_1/mysql.sock -umysql db_name | gzip -f>/path/to/backup/db_name.`data +%w`.dump.gz
因此写在CRONTAB中一般是：
15 4 * * * /home/mysql/bin/mysqldump -S/data/app_1/mysql.sock -umysql db_name | gzip -f>/path/to/backup/db_name.`data +/%w`.dump.gz
注意：
1 在crontab中'%'需要转义成'/%'
2 根据日志统计，应用负载最低的时候一般是在早上4-6点
先备份在本地然后传到远程的备份服务器上，或者直接建立一个数据库备份帐号，直接在远程的服务器上备份，远程备份只需要将以上脚本中的-S /path/to/msyql.sock改成-h IP.ADDRESS即可。
数据的恢复和系统的升级
日常维护和数据迁移：在数据盘没有被破坏的情况下，硬盘一般是系统中寿命最低的硬件。而系统（包括操作系统和MySQL应用）的升级和硬件升级，都会遇到数据迁移的问题。
只要数据不变，先装好服务器，然后直接将数据盘（硬盘2）安装上，只需要将启动脚本重新加入到rc.local文件中，系统就算是很好的恢复了。
灾难恢复：数据库数据本身被破坏的情况下，确定破坏的时间点，然后从备份数据中恢复。<
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